Rời miền Bắc, Nguyễn Hoàng giong buồm tiến thẳng vào Nam. Cập bến cảng Yên Việt (Cửa Việt), bản bộ tướng quân lên bờ dựng doanh trại trên cồn cát thuộc xã Ai Tử huyện Vũ Xương (Triệu Phong). Quân trinh sát của Nguyễn đi khắp vùng Thuận Hóa nghiên cứu địa hình, địa vật… Kết quả nghiên cứu được trình lên, Nguyễn Hoàng rất thích thú với địa thế xã Phú Xuân thuộc huyện Hương Trà “núi sông vàng tụ, cảnh đẹp dân giàu”. Được địa lợi, Đoan Quốc Công liền bàn đến việc “thi hành đức chính để vỗ về dân chúng” nhằm xây dựng cơ nghiệp lâu dài. Lúc đó, tướng nhà Mạc là Quận Lập đang đóng dinh cơ tại Khang Lộc (Lệ Ninh) nghe tin Đoan Quốc Công thừa lệnh Trịnh Kiểm vào trấn đất Thuận Hóa lấy làm tức giận.